Sekolah Menengah Kebangsaan Seberang Jaya (SMKSJ) telah ditubuhkan pada 4 Disember 1989 bermula dengan seramai 263 orang pelajar. Oleh kerana bangunan sekolah belum siap, para pelajar ditempatkan di Sekolah Kebangsaan Pematang Pauh iaitu lebih kurang 3 kilometer dari tapak sekolah sebenar. Pada Mac 1990, para pelajar dipindahlan ke SK Seberang Jaya II, Lengkok Tenggiri. Pembinaan sekolah tergendala selama 2 tahun, oleh itu pelajar terus menumpang di SK Seberang Jaya II pada sesi petang dan bilangan pelajar ketika itu berjumlah 600 orang.
Pada 1 Disember 1992 barulah pelajar SMKSJ berpindah ke bangunan baru dan mereka hanya menggunakan bangunan Blok A sahaja kerana bangunan lain belum siap sepenuhnya. Pembelajaran berjalan tanpa elektrik dan air selama 4 bulan Keseluruhan bangunan siap dan boleh digunakan pada bulan Mac 1992. Walau bagaimanapun peralatan dan prasarana belum lagi siap sepenuhnya, tetapi pelajar meneruskan P & P dengan lancar. Kini bangunan ditambah 2 blok lagi menjadikan semuanya 5 blok bangunan. Bangunan baru ini menambahkan 47 buah bilik darjah, bilik pejabat dan makmal sains.
Bermula tahun 2003 kelas Tingkatan 6 diwujudkan. Prasarana dan taman ditambah untuk mencantikkan lagi persekitaran sekolah ini. Perubahan demi perubahan diwujudkan bagi menjadikan sekolah ini SMK Seberang Jaya maju setanding dengan sekolah lain bawah pengurusan beberapa pengetua sehingga ke hari ini diterajui oleh Tuan Hazani